El viernes 10 de febrero lo trasladaron al Mesón del Refugio, donde le anunciaron su muerte.
Escribió para que su tía Magdalena le llevara la Sagrada Comunión.
A las once de la noche le desollaron los pies con un cuchillo, lo sacaron del mesón y lo obligaron a caminar a golpes hasta el cementerio.
Los vecinos escucharon cómo José iba gritando por el camino: “¡Viva Cristo Rey!”. Ya en el panteón, el jefe de la escolta ordenó que lo apuñalaran.
A cada herida José volvía a gritar: “¡Viva Cristo Rey!”.
Por crueldad le preguntaron si quería enviar un mensaje a su papá. José respondió: “¡Que nos veremos en el Cielo! ¡Viva Cristo Rey! ¡Viva Santa María de Guadalupe!”. Para acallar aquellos gritos, el jefe sacó su pistola y le disparó en la cabeza. José cayó bañado en sangre.
Eran las once y media de la noche del viernes 10 de febrero de 1928.
Uno de los testimonios del martirio fue la carta que José envió a su madre el lunes 6 de febrero de 1928, en la cual dice:
“Mi querida mamá: Fui hecho prisionero en combate este día. Creo que en los momentos actuales voy a morir; pero nada importa, mamá. Resígnate a la voluntad de Dios; yo muero muy contento porque muero en la raya al lado de Nuestro Señor. No te apures por mi muerte, que es lo que me mortifica. Antes, dile a mis otros hermanos que sigan el ejemplo del más chico, y tú haz la voluntad de nuestro Dios. Ten valor y mándame la bendición juntamente con la de mi padre. Salúdame a todos por última vez y tú recibe por último el corazón de tu hijo que tanto te quiere y verte antes de morir deseaba”.